Năm 1937, Carrel gia nhập Trung tâm nghiên cứu những vấn đề con người của Jean Coutrot - Mục đích của Coutrot là phát triển cái mà ông ta gọi là "chủ nghĩa nhân văn kinh tế" thông qua "tư duy tập thể". Năm 1941, thông qua những liên hệ với chính phủ Vichy của tổng thống Philippe Pétain (nhất là các bác sĩ André Gros và Jacques Ménétrier) Carrel tiếp tục vận động cho việc thiết lập ‘’Fondation Française pour l'Etude des problèmes Humains‘’ (Quỹ nghiên cứu các vấn đề con người của Pháp). Quỹ này đã được lập ra bởi một sắc lệnh của chính phủ Vichy vào năm 1941, và ông được bổ nhiệm làm người quản lý.[3]

Quỹ này là nguồn gốc của bộ luật ngày 11.10.1946, ban hành bởi Chính phủ lâm thời Cộng hòa Pháp (GPRF), để thể chế hóa lĩnh vực Y học lao động (occupational medicine). Quỹ nghiên cứu các lãnh vực nhân khẩu học (Robert Gessain, Paul Vincent, Jean-Bourgeois Pichat), về kinh tế, (François Perroux), về dinh dưỡng (Jean Sutter), về nơi cư trú (Jean Merlet) và về cuộc thăm dò dư luận lần đầu (Jean Stoetzel). "Quỹ này được ban đặc quyền coi như một tổ chức công dưới sự giám sát chung của Bộ Tài chính và Bộ Y tế.. Nó được trao quyền tự chủ tài chính và có ngân sách là 40 triệu franc - khoảng một franc cho mỗi đầu người - một sự xa xỉ thực sự nếu xét về những gánh nặng do Quân Đức chiếm đóng áp đặt trên tài nguyên của quốc gia. Để so sánh, toàn bộ Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Quốc gia Pháp (CNRS) đã chỉ được cấp một ngân sách là 50 triệu franc"

Trong thời gian tồn tại, Quỹ này đã thực hiện nhiều thành tựu tích cực.[6] Quỹ cũng là nguồn gốc của Đạo luật ngày 16.12.1942 đặt ra "chứng chỉ tiền hôn nhân" (certificat prenuptial), cấp cho các cặp vợ chồng trước khi kết hôn sau khi họ đã được kiểm tra sinh học, để đảm bảo "sức khỏe tốt" của vợ chồng, đặc biệt là liên quan đến các bệnh lây truyền qua đường tình dục (STD) và "vệ sinh cuộc sống". Viện còn tạo ra các "học bạ" ("livret scolaire"), có thể được sử dụng để ghi quá trình học tập của học sinh các lớp trong các trường trung học Pháp, và do đó phân loại và chọn lựa học sinh theo hiệu suất học tập.[24]

Theo Gwen Terrenoire, viết trong quyển Eugenics in France (1913-1941): xem xét lại các kết quả nghiên cứu. Quỹ là một trung tâm đa ngành đã sử dụng khoảng 300 nhà nghiên cứu (chủ yếu là các nhà thống kê, nhà tâm lý học, bác sĩ) từ mùa hè năm 1942 cho đến cuối mùa thu năm 1944. Sau khi Paris được giải phóng, Carrel đã bị Bộ trưởng Bộ Y tế ngưng chức ngày 21.8.1944 theo yêu cầu của Paul Milliez và Louis Pasteur Vallery-Radot. Quỹ bị giải thể, sau đó một thời gian ngắn tái xuất hiện dưới tên "Viện quốc gia nghiên cứu nhân khẩu" (‘’Institut national d’études démographiques’’) (INED), hiện còn hoạt động."[25] Mặc dù Carrel đã qua đời nhưng hầu hết các thành viên trong nhóm nghiên cứu của ông đã chuyển sang làm việc ở Viện quốc gia nghiên cứu nhân khẩu do nhà nhân khẩu học nổi tiếng Alfred Sauvy lãnh đạo, người đã đặt ra khái niệm " thế giới thứ ba ". Những nhà nghiên cứu còn lại gia nhập "Viện vệ sinh quốc gia" (Institut national d'hygiène) của Robert Debré mà sau đó trở thành "Viện Y tế và Nghiên cứu Y khoa quốc gia (Institut national de la santé et de la recherche médicale) (INSERM]] của Robert Debré.Tuy bị ngưng chức, nhưng Carrel được nhiều người Mỹ ủng hộ và Eisenhower đã nhận được lệnh «kh ông cho ai đụng tới Carrel »[26]